对于不同的混凝剂聚丙烯酰胺，水体pH值对混凝效果的影响程度也不同。铝盐和铁盐混凝剂，由于他们的水解产物直接受到水体pH值的影响，所以影响程度较大，尤其是硫酸铝。对于聚合形态的混凝剂，如聚合氯化铝和其它高分子混凝剂，其混凝效果受水体pH值的影响程度较小，因为它的分子结构在投入水中之前就已经形成。

对硫酸铝而言，用于去除浊度时，最佳的pH值在6.5~7.5之间;用于去除色度时，pH值在4.5~5.5之间。对于三氯化铁等三价铁盐混凝剂，适用的pH值范围较铝盐混凝剂系列要宽;用于去除色度时，pH值为3.5~5.0之间。

与无机混凝剂相比，高分子絮凝剂聚丙烯酰胺受PH值影响小，但严格说来还是有影响的，通常，阳离子聚丙烯酰胺在偏酸性、阴离子聚丙烯酰胺在偏碱性的条件下易发挥其效果。这是由于PH值影响到高分子链在悬浊液中的松弛程度，从而影响到它性能的发挥。

对于被处理的水体而言，比较典型的是在含蛋白质的场合，要用酸或碱调节到等电点附近，使蛋白质处于不稳定状态，再加絮凝剂。